知识产权海关保护备案，是指知识产权权利人为了寻求海关对其知识产权实施依职权保护，按照《知识产权海关保护条例》的规定，将其拥有的商标专利权、著作权和与著作权有关的权利、专利权的法律状况、使用该权利的商品以及侵犯该权利的货物进出口等情况以书面形式通知海关总署的制度。

进行知识产权海关备案，有以下作用：

1.是海关采取主动保护措施的前提条件

根据《知识产权海关保护条例》的规定，知识产权权利人如果事先将其知识产权向海关备案，海关对其发现的侵权货物则有权主动中止其进出口，并对侵权货物进行调查处理；

2.有助于海关发现侵权货物

知识产权权利人在申请备案时，需要提供有关知识产权的法律状况、权利人的联系方式、合法使用知识产权情况、侵权嫌疑货物情况、有关图片和照片等情况，使海关有可能在日常监管过程中发现侵权嫌疑货物并主动予以扣留。

所以，事先进行知识产权备案，可以使权利人的合法权益得到及时的保护；

3.知识产权权利人的经济负担较轻

在海关依职权保护模式下，知识产权权利人向海关提供的担保最高不超过人民币10万元。如果知识产权权利人事先未进行知识产权备案，必须提供与其要求扣留的货物等值的担保。这点对商标权人尤为重要；

4.可对侵权人产生震慑作用

由于海关对进出口侵权货物予以没收并给予进出口企业行政处罚，尽早进行知识产权备案，可以对那些过去毫无顾忌地进出口侵权货物的企业产生警告和震慑作用，促使其自觉地尊重有关知识产权。

此外，有些并非恶意出口侵权产品的企业也可能通过查询备案，了解其承揽加工和出口的货物是否可能构成侵权。从而避免发生由于海关扣留货物而遭受经济损失。